Непростым был и переход в команду мастеров. Исаева призвали в армию, службу он проходил в Подольске, где никакого футбола по сути не было. И вдруг весной 1952 года пришел вызов на сбор в Сочи, где занималась команда ВВС под началом Всеволода Боброва. Чем-то новичок приглянулся легенде советского спорта, и тренер стал заниматься с парнем индивидуально. Исаев рассказывал:
-Частенько играли с ним в «квадрате», и советы иной раз он давал на повышенных тонах. Я даже как-то терялся, стыдно было. Но потом, после тренировки, Всеволод Михайлович всегда подойдет, обнимет, и напряжение как рукой снимает.
После расформирования ВВС Анатолий попал в «Спартак», где провел лучшие годы карьеры. Да и вообще он говорил, что самое ценное в жизни пришлось как раз на этот период. И когда доигрывал в ярославском «Шиннике», даже не хотел выходить против красно-белых в кубковом матче - сама мысль об этом казалась кощунственной. А потому, повесив бутсы на гвоздь, с радостью пошел к Никите Симоняну вторым тренером. И шесть сезонов сотрудничества с ним называл яркой полосой.

Из партнеров в «Спартаке» молодому Исаеву очень многое дал Николай Дементьев, а из тренеров наибольшее впечатление произвел в сборной Гавриил Качалин. Именно под его руководством Анатолий и товарищи выиграли золотые медали на Олимпиаде в Мельбурне. Кстати, автором решающего гола в финале мог оказаться именно Исаев. Вот его рассказ:
- Дело было так: Татушин проскочил с мячом к лицевой, а я успел заметить, что вратарь югославов переместился к ближней штанге, набежал на нее и прошу передачу. Борис немного недодал, так я как бы поднырнул под мяч и головой перекинул его назад, через вратаря. Мяч так и так попал бы в ворота, ну, а Ильин добил его с линии. В первое время было обидно.
Впоследствии журналиста Льва Филатова очень занимал этот момент: вправе ли был нападающий «отнимать гол» у товарища? Но на вопросы Филатова специалисты отвечали: Ильин обязан был добить - а вдруг случился бы какой-нибудь невероятный отскок? Слишком высокая цена была у победы, чтобы не подстраховаться.
К футболу Исаев относился бескорыстно, ничего для себя не требовал, и слава Богу, что находились люди, которые выбивали какие-то блага для него и других спартаковцев. Так, в 50-е годы благодаря высокопоставленному болельщику в московском руководстве игрокам красно-белых были выделены квартиры. Анатолий Константинович вспоминал:
- Для меня это стало полнейшей неожиданностью. Жили ведь вшестером в одной комнате, спали, где придется. Я - чаще всего на сундуке. И тут - отдельная квартира. Долго не верил, даже рассказывать кому-то боялся...

Повезло Исаеву с заступниками и много лет спустя, когда работал тренером в Тюмени, но руководство клуба не торопилось выплачивать положенное по контракту. Между тем боли в ноге (последствия травмы, полученной в финале Кубка СССР 1957 года против московского «Локомотива») требовали лечения, и опять-таки только вмешательство влиятельных почитателей привело к тому, что деньги он получил.
Очень расстраивало Исаева, что со временем доверительные отношения между футболистами и тренерами стали редкостью, все регулируется только условиями контракта. Ведь сам он играл в ту эпоху, когда команду действительно можно было сравнивать с семьей, где люди старались быть ближе друг к другу.